Soubor téměř 36 tisíc metrů vzorků hmotné dokumentace obsahuje ojedinělé horninové vzorky profilové dokumentace nebo souvislá vrtná jádra ze strukturních a dalších významných vrtů provedených na území ČR od roku 1920, u kterých bylo rozhodnuto o jejich trvalém uchovávání k případnému dalšímu vědeckému zpracování. Hmotná dokumentace archivních vrtů je spravována odborem Geofond a zpřístupněna přímo ve skladech ČGS. Návštěvu je nutno sjednat předem.
Výběr vrtů je podřízen jejich významu v jednotlivých geologických oblastech. Vrtná jádra či jejich části uložené trvale ve skladech hmotné dokumentace v Kamenné a Chotěboři - mají vazbu na písemnou dokumentaci archivovanou v ČGS - Geofondu. Seznamy uchovávaných vrtů a vzorků jsou vedeny podle uložení v kartotékách a v databázi hmotné dokumentace. Kromě hmotné dokumentace získávané v minulosti především při skartaci vrtů, je v poslední době přebírána k trvalému uchování i vybraná hmotná dokumentace ze skladů ohrožených likvidací (např. byla převzata hmotná dokumentace vybraných vrtů od UNIGEO a.s. Ostrava, závod Zlaté Hory, archiv hmotné dokumentace z likvidovaného skladu MND a.s. Hodonín tvořený mikropaleontologickými vzorky z vrtů vídeňské pánve a karpatské předhlubně, od TVX Bohemia důlní, a.s. byla převzata vybraná hmotná dokumentace z průzkumných vrtů z oblasti Kašperských Hor a další).